สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์สำหรับฟิสิกส์ทฤษฎีและจักรวาลวิทยา ในอดีตเป็นระบบวัฒนธรรมทางวิชาการที่ดำเนินการใน หน่วยวิจัยฟิสิกส์รากฐานและจักรวาลวิทยา ของ ภาควิชาฟิสิกส์แห่งมหาวิทยาลัยนเรศวร โดยเป็นอาศรมวิชา อาศรมวิจัย และสภาการศึกษาซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยขนาดเล็กที่สุดในโลกที่ดำเนินกิจการโดยอิสระ โดยปราศจากการแทรกแซงจากนโยบายการศึกษาภายนอก สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ ไม่อาจให้การศึกษาได้แบบเต็มรูปแบบ หากแต่ให้การศึกษาในลักษณะเสริมแก่นิสิตของมหาวิทยาลัยนเรศวรในลักษณะให้คุณวุฒิเพิ่มเติม และให้การศึกษาแก่นักศึกษาจากมหาวิทยาลัยอื่นๆในลักษณะการให้เป็นนักศึกษาอาคันตุกะในหลักสูตรวุฒิบัตรและประกาศนียบัตร กิจการด้านการศึกษาทั้งหมดดำเนินการโดยการใช้ทุนทรัพย์ส่วนตัวและการอาสาสมัครจากคณาจารย์ของสถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ ไม่ยุ่งเกี่ยวกับประเด็นใดๆทางการเมือง การดำรงอยู่และคุณวุฒิทางวิชาการอันเข้มงวดของสถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ ไม่ได้รับการรับรองโดยกฎหมายหรือองค์กรของรัฐใดๆ หากแต่ได้รับเกียรติและการยอมรับอย่างกว้างขวางจากประชาคมฟิสิกส์ทั่วประเทศ
นับแต่ การประกาศสถาปนา "วิทยาลัยเพื่อการค้นคว้าระดับรากฐานแห่งมหาวิทยาลัยนเรศวร (IF)" เมื่อวันที่ 14 มีนาคม 2554 เป็นต้นมา สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์สำหรับฟิสิกส์ทฤษฎีและจักรวาลวิทยาได้ถ่ายโอนกิจการด้านการวิจัย การสอนและวิชาการ การบริการวิชาการ สถานีฟิสิกส์ศึกษา การจัดอบรมและการประชุมวิชาการ TPCosmo และ GR+HEP+Cosmo และสัมมนาท่าโพธิ์ ไปอยู่ภายใต้การบริหารของ IF และคงเหลือไว้เพียงบทบาทในการจัดสอบ Grad TP Entrance Examination และ Crossing Examination กับการทำหน้าที่เป็นสภาการศึกษาที่ให้คุณวุฒิที่ไม่เป็นทางการเท่านั้น
สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯไม่อาจถูกล้มล้างได้ เพราะไม่เคยได้รับการจัดตั้งอย่างเป็นทางการแต่แรก การดำเนินการอย่างเป็นกิจจะลักษณะของสถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯจะดำรงอยู่หรือไม่นั้นไม่ขึ้นกับอำนาจใดๆ ภายนอกหากแต่ขึ้นอยู่กับเหล่าสมาชิกของสถาบันฯเองเท่านั้น
ปัจจุบันคุณวุฒิทางการศึกษาของสถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ มี 6 ระดับดังนี้
โดยจะไม่มอบคุณวุฒิที่ซ้ำซ้อนกันภายในประเภทคุณวุฒิของสถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ
สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ เริ่มประสาทคุณวุฒิทางวิชาการครั้งแรกใน พ.ศ. 2545 คุณวุฒิทั้งหมดของสถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ ไม่มีสภาพที่ได้รับการรับรองด้วยกฎหมาย แต่เป็นคุณวุฒิทางวิชาการที่มีบรรทัดฐานที่เคร่งครัดและเป็นที่รู้จักและเชื่อถือจากประชาคมนักฟิสิกส์และภาควิชาฟิสิกส์ทั่วประเทศ
ในปัจจุบัน สถาบันสำนักเรียนท่าโพธิ์ฯ แบ่งภาคการศึกษาดังนี้